尼可拉兴奋极了，她今天就要随母亲珍妮起身前往中国了，中国在她心目中一直是想象中的样子。
母亲珍妮·波罗祖籍是意大利威尼斯，她在美国求学并留在美国工作至今，应中国考古界邀请参加长江三峡考古，她倍感荣幸。在收拾行李物品时，她们没有忘记带一件东西，用纱巾仔细包裹起来，放在一只长方形的匣子里。
在北京国际机场，中国考古研究所副所长李长功领着几个考古界的专家来迎接珍妮一行，大家高兴地谈论着，珍妮迫不急待地问什么时候去三峡，李长功告诉她三天后就出发，如今的三峡工地有百余支考古队上千名专家，可谓是正在进行一场考古大会战。
寓所里，尼可拉对妈妈说：“既然李大伯是中国的考古专家，我们的古琴让他给看看吧。”“噢，对了，这次我们特意带来了祖上留下来的这张古琴，你来看一看。”说着，珍妮把那件仔细包裹的物品拿了出来，说起这张琴来，可是珍妮她们家长久以来难解的谜团，珍妮记得小的时候就发现家里有这件物品，问起老祖母，只知道是祖上传下来的，传了很多代，但这张琴是什么年代，通过什么方式从东方流传到西方，又为什么在珍妮家族中流传呢？就不得而知了。
李长功小心翼翼地把琴放到桌面上，看了又看，古琴由于尘封经年，一度辗转，已有所残破，但尚完好，李长功说：“中国古琴历史悠久，可以说是中国古老文化的一个符号，但我对音乐知识了解不多，有位王老先生，是我的朋友，在中国艺术研究院工作，是音乐方面的专家，咱们去他家讨教。”
他们来到了王老先生家中，王老先生抚摸着这张琴的琴体，看得十分仔细，看琴的木质、纹理，珍妮告诉王老先生琴尾有字迹，只分辩出后两个字是“女琴”二字，而前面还有一个字，字迹模糊，不易辨认，王老先生用放大镜细看，说：“从字的结构和运笔分析，应是个'神'字。”“神女琴”珍妮叹道，王老先生说这张琴也是他第一次见到，在古籍资料上都没有记载过，也从来没有听说过有这样一把琴流传到西方去。慢慢地王老先生轻拢慢挑地弹起了古琴，琮琮的琴声竟从他苍老的手指间流淌而出，如高山流水，尼可拉搂住了妈妈的手臂，惊奇地说：“咦，它竟能发出这么美妙的声音。”一曲终了，王老先生告诉珍妮母女，这张琴至少是一千多年前的物品，质量上乘，非常名贵，但琴的出处尚未可知。
第二天，珍妮母女在李长功夫人和儿子李明阳的陪同下，游览了北京城，李明阳在北大考古系上学快毕业了，这次也要随父亲去三峡，做考古实习，李明阳外语很好，给尼可拉作翻译，尼可拉很高兴，她终于看到了她向往已久的万里长城。
三天后，一架飞机飞临三峡上空，机上坐着珍妮母女，李长功父子，还有三峡考古指挥部的于南云主任，飞机之下，赫然就是大三峡，长江全长六千三百多公里，它流经四川盆地东缘时冲开崇山峻岭，夺路奔流，形成了壮丽雄奇、举世无双的三峡，由瞿塘峡、巫峡、西陵峡组成，洋洋洒洒四百里，伟大的三峡工程就位于西陵峡中段，坝址位于湖北省宜昌市三斗坪。
李长功和于南云博士去了云阳，准备开个协调会，珍妮博士和李明阳暂时分配在巫峡东侧的青石考古工地工作，负责这里的川大考古队队长曾彬博士给他们介绍这里的情况，都有哪些地层堆积。阳光洒遍三峡的江水和山谷，考古工地一如往日的忙碌。尼可拉跑去玩了，李明阳去找她，尼可拉拿着望远镜，站在长江边的石滩前观看着，李明阳问她在看什么，“我在看三峡”尼可拉兴奋地说：“来，你也看看。”尼可拉伸手把明阳拽上巨石，明阳用望远镜看去，“噢，那是巫山十二峰，我们在这里看不到全貌，只有站到高处或船行至宽阔的江心处眺望，才能看到全貌。”
后来，珍妮去参加专家论证会，她走后不久，李明阳、尼可拉就随曾彬队长来到一个叫神女溪的地方，开始了测量勘探工作。一天李明阳正和其它几名考古工作者清理一条灰沟，尼可拉气喘吁吁地跑来了喊：“曾叔叔在三号坑挖出了一块石碑，上刻‘神女碑’三个字，而且落款是用意大利文写的‘马可·波罗题’，马可·波罗那个大旅行家，你可知道马可-波罗是我的先祖啊。”“奥，原来你们是马可-波罗家族的后裔！”明阳很惊诧，于是他们一起去看神女之碑。
此时的珍妮正和李长功等人研究白鹤梁的保护方案，专家组决定采用无压容器的原理构思兴建水下古水文博物馆，听说神女溪考古工地那边传来了消息，发现了马可-波罗的笔记，于是珍妮和李长功于南云等人放下手头的工作，来到神女溪。
经探测、数据分析后，便开始了挖掘，尼可拉蹲在坑边，托着腮，仔细看，终于，当发掘到临界点时，露出一角石面，珍妮小心拓展着，青石面积很大，好象还有字迹，她用一把小刷子刷去界面的泥土，慢慢地她眼睛亮了，看到了西文字母，尼可拉问是什么，珍妮惊喜地说：“是石刻，上面刻的好像是咱们家乡的文字。”当大家沿石刻拓展开去，都被惊呆了，巨大的青石，布满文字，有的已剥蚀，珍妮触摸着石刻古老的文字就象触摸那段历史，珍妮念着上面的文字，兴奋地给大家翻译，于是将近一千年前的一段历史记录便展现在人们面前。
原来早在大元朝时代，西方探险家马可-波罗来到中国，后来受到忽必烈皇帝的赏识，让他在朝为官，还经常出使各国，期间他出使了今天的缅甸，在归来时途径三峡，并独自进行了一次冒险的漂流活动，当时他的随从和奉节县令都曾劝阻他不要冒险，而率真、勇敢的他依然乘着一只改良的牛皮筏子自白帝城出发，顺江而下，去体验诗仙李白诗中豪情，然而三峡自古就滩多礁险，当他漂流巫峡峡口时触礁遇险，伴着巨大的轰鸣声，江水裹夹着他冲向宽谷，他失去了知觉。
也不知过了多久，马可醒转过来，阳光刺眼，缓过来之后，他很惊奇，这是一间宽大的茅草屋，自己躺在榻上，身上还盖着被子，环视四周，明窗净几，外面山泉流淌，鸟语啁啾，当他疑惑时，掀开门帘进来一位女子，端着药罐，这名女子穿着别致的衣服，不施粉黛，气质清秀，马可挣扎着要起来，那名女子示意他躺下，马可问这是哪里，姑娘告诉他这是她的家，她在江边的沙滩上拾贝时发现了他，便把他救了回来。
马可向她表示感谢，她问马可是什么人，怎么长得这么怪，马可便介绍了自己的情况，又是怎么遇险的，他告诉姑娘：“你叫我马可就行”，马可看着姑娘充满了感激